La característica més sobresortint de l'històric conjunt que forma el Museu de Navarra és el seu singular emplaçament a la ciutat de Pamplona, a l'extrem del seu casc antic i assentat sobre l'angle que formen la muralla amb la Cuesta de Santo Domingo, ubicació que assegura una llarga i clara perspectiva visual, des del recorregut iniciat a la cèntrica Plaça de l'Ajuntament.

La remodelació interior del Museu de Navarra es desenvolupa a partir d'un concepte espaial únic i rotund: la incrustació a l'interior del mateix d'un element nou amb força suficient per a modificar les referències arquitectòniques internes de l'antic edifici, i amb proporcions suficientment generoses per a transformar el Museu en un edifici definitivament públic. Els efectes de la incrustació interior d'un element nou s'estén a l'exterior solament en els punts més singulars i amb major relació amb la ciutat: l'entrada i el jardí posterior sobre la muralla. Amb això es pretén manifestar cronològicament la important renovació del Museu, sense alterar les característiques arquitectòniques generals del seu front més públic.

A la façana principal es conjuga i subratlla la fragmentació històrica que posseeix el Museu des de la seva rehabilitació de 1956. Amb això, es posa en valor el joc de les dues portades (Museu i Capella) a l'eix de la perspectiva visual urbana, es relega a segon terme la part més desfigurada estilísticament, i s'ennobleix i ajusta al seu entorn la porció de façana del carrer Descalzas en ple casc antic. El perímetre del nou espai del hall es traça com una pantalla independentment de les façanes originals que conformen el pati, i amb un perfil ovalat per emmotllar-se als accessos existents. D'aquesta manera es resol el doble problema, estructural i compositiu, que representa la falta d'eixos arquitectònics clars a l'edifici existent. El muntatge i equipament de les sales s'ha realitzat amb la intenció d'optimitzar la contemplació de les peces, sense separar-les massa del seu context o suport originari, però sense utilitzar recursos o elements evocatius d'impossible reproducció o d'excessiva teatralitat. S'ha realitzat, conjuntament amb la Direcció del Museu, una selecció molt estricta del material a exhibir. Això ha permès disposar aquest amb més folga a les sales i ampliar les àrees històriques i artístiques insuficientment representades. S'ha tingut en compte el diàleg que necessàriament es crea entre les pròpies peces o objectes degut a la seva proximitat, així com el que es crea per la mateixa raó entre les peces i l'atent visitant, majoritàriament escolar, que transcorre entre elles.